SCDE
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doi：10.18129/b9.bioc.scde
单细胞差异表达
生物导体版本：版本（3.13）
SCDE软件包实现了一组用于分析单细胞RNA-seq数据的统计方法。SCDE适合单细胞RNA-seq测量的单个误差模型。然后，这些模型可用于评估细胞组之间的差异表达以及其他类型的分析。SCDE软件包还包含宝塔框架，该框架应用途径和基因集过度分析分析以识别和表征基于转录特征的推定细胞亚群。以下出版物中详细介绍了差异表达分析的总体方法：“单细胞差异表达分析的贝叶斯方法”（Kharchenko PV，Silberstein L，Scadden DT，Scadden DT，自然方法，DOI：10.1038/NMETH.2967）。在以下预印中详细介绍了亚群鉴定和表征的总体方法：“通过途径和基因集过度分散分析来表征转录异质性”（Fan J，Salathia N，Liu R，Kaeser G，Kaeser G，Yung Y，Herman J，Herman J，Kaper f，Kaper f，Fan JB，Zhang K，Chun J和Kharchenko PV，自然方法，doi：10.1038/nmeth.3734）。
作者：Peter Kharchenko [AUT，CRE]，Jean Fan [AUT]
维护者：Jean Fan
引用（从r内，输入引用（“ SCDE”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ scde”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
| 参考手册 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 2.20.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.3（R-3.3）（5年） |
| 执照 | GPL-2 |
| 要看 | r（> = 3.0.0），flexmix |
| 进口 | RCPP（> = 0.10.4），rcpparmadillo（> = 0.5.400.2.0），MGCV，，，，车，，，，rjson，，，，大量的，，，，开罗，，，，rcolorbrewer，，，，EDGER，，，，Quantreg， 方法，nnet，，，，rmtstat，，，，极端，，，，pcamethods，，，，生物比较， 平行 |
| 链接 | RCPP，，，，rcpparmadillo |
| 建议 | 尼特，，，，CBA，，，，快速积分，，，，WGCNA，，，，go.db，，，，org.hs.eg.db，，，，rmarkDown |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | http://pklab.med.harvard.edu/scde |
| BugReports | https://github.com/hms-dbmi/scde/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | 宝塔2 |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | scde_2.20.0.tar.gz |
| Windows二进制 | scde_2.20.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | scde_2.20.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scde |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/scde |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/scde/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
