sccomp

DOI:10.18129 / B9.bioc.sccomp

健壮的Outlier-aware估计为单细胞数据组成和异质性

Bioconductor版本:版本(3.17)

一个健壮的和outlier-aware方法测试从单细胞数据微分组织组成。这个模型可以推断出组织成分和异质性的变化,和能产生真实的数据模拟基于任何现有的数据集。这个模型还可以把知识从一个大组集成的数据集,可以进一步提高精度。

作者:斯特凡诺Mangiola (aut (cre)

维护人员:斯特凡诺Mangiola < mangiolastefano gmail.com >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“sccomp”)

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文档

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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	方法,Rcpp (> = 0.12.0) RcppParallel (> = 5.0.1) rstantools (> = 2.1.1) rstan (> = 2.18.1) SeuratObject,SingleCellExperiment、平行、dplyr tidyr、purrr magrittr, rlang,宠物猫,引导、生命周期、数据,tidyselect,跑龙套,ggplot2, ggrepel,东拼西凑,forcats, readr,尺度,stringr、胶水
链接	黑洞(> = 1.66.0)Rcpp (> = 0.12.0) RcppEigen (> = 0.3.3.3.0) RcppParallel (> = 5.0.1) rstan (> = 2.18.1) StanHeaders (> = 2.18.0)
建议	BiocStyletestthat(> = 3.0.0)、减价、knitr, tidyseurat,tidySingleCellExperiment,厕所
SystemRequirements	GNU使
增强了	furrr, extraDistr
URL	https://github.com/stemangiola/sccomp
BugReports	https://github.com/stemangiola/sccomp/issues
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进口我
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包档案

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源包	sccomp_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	sccomp_1.4.0.zip
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)	sccomp_1.3.5.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sccomp
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ sccomp
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/sccomp/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sccomp/
包下载报告	下载数据