scanMiRApp

DOI:10.18129 / B9.bioc.scanMiRApp

闪光应用

Bioconductor版本:发行版(3.16)

一个闪亮的界面到scanMiR包。该应用程序能够扫描转录本和miRNA结合位点的自定义序列，KdModels和结合结果的可视化，以及浏览预测的抑制数据。此外，还包含IndexedFst类，用于大型基因组范围或数据框架的快速索引读取，以及一些用于促进扫描和识别丰富的mirna -靶对的实用程序。

作者:Pierre-Luc Germain [cre, aut]，迈克尔·苏茨切克[aut]，弗里多林·格罗斯[ctb]

维护者:Pierre-Luc Germain < Pierre-Luc。日耳曼在hest.ethz.ch>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“scanMiRApp”)

超文本标记语言	R脚本	IndexedFst
超文本标记语言	R脚本	scanMiRApp
PDF		参考手册

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.4.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.0)
进口	AnnotationDbi，AnnotationFilter，AnnotationHub，BiocParallel，Biostrings，data.table，消化，DT，ensembldb，置，GenomeInfoDb，GenomicFeatures，GenomicRanges，ggplot2，htmlwidgets，IRanges，矩阵、方法、情节，rintrojs，rtracklayer，S4Vectors，scanMiR，scanMiRData，闪亮的，shinycssloaders，shinydashboard，shinyjqui，统计，utils，服务员
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，testthat(> = 3.0.0),shinytest，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn6
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	scanMiRApp_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	scanMiRApp_1.4.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	scanMiRApp_1.4.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	scanMiRApp_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scanMiRApp
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scanMiRApp
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scanMiRApp/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scanMiRApp/
软件包下载报告	下载数据