scTreeViz

DOI:10.18129 / B9.bioc.scTreeViz

R/Bioconductor包交互式探索和可视化单细胞RNA-seq数据集与分层注释

Bioconductor版本:Release (3.16)

scTreeViz提供了类来支持交互式数据聚合和单细胞RNA-seq数据集的可视化，这些数据集具有层次结构，例如不同分辨率的细胞簇。' TreeIndex '类提供了管理层次结构和在给定分辨率或跨分辨率拆分树的方法。“TreeViz”类扩展了“summarizedexexperiment”，可以对集群定义的计数矩阵执行快速聚合。

作者:Jayaram Kancherla [aut, cre]， Hector Corrada Bravo [aut]， Kazi Tasnim Zinat [aut]， Stephanie Hicks [aut]

维护者:Jayaram Kancherla < Jayaram。Kancherla在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("scTreeViz")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“scTreeViz”)

超文本标记语言	R脚本	使用scTreeViz探索数据
PDF		参考手册

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.4.0
在Bioconductor中	BioC 3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 4.0)，方法;epivizr,SummarizedExperiment
进口	data.table,S4Vectors,消化,矩阵,Rtsne,httr,igraph,clustree,食物,sys,epivizrData,epivizrServer,ggraph,嘘,修拉,SingleCellExperiment,ggplot2，统计，utils
链接
建议	knitr,BiocStyle,testthat,SC3,scRNAseq,rmarkdown,msd16s,metagenomeSeq,epivizrStandalone,GenomeInfoDb
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	scTreeViz_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	scTreeViz_1.4.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	scTreeViz_1.4.0.tgz
macOS二进制(arm64)	scTreeViz_1.4.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/scTreeViz
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/scTreeViz
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scTreeViz/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scTreeViz/
软件包下载报告	下载数据