scTensor

DOI:10.18129 / B9.bioc.scTensor

单细胞RNA-seq数据集中细胞-细胞相互作用的张量分解检测

Bioconductor版本:发布(3.15)

该算法基于nnTensor的非负tucker分解(NTD2)。

作者:Tsuyuzaki Koki [aut, cre]， Nishida Kozo [aut]

维护者:Tsuyuzaki

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"，悄然= TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("scTensor")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes(“scTensor”)

超文本标记语言	R脚本	scTensor
超文本标记语言	R脚本	scTensor: 1。数据格式和ID转换
超文本标记语言	R脚本	scTensor: 2。HTML报告解读
超文本标记语言	R脚本	scTensor: 3。CCI仿真
超文本标记语言	R脚本	scTensor: 4。scTensor结果的再分析
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细节

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版本	2.6.0
在Bioconductor中	BioC 3.9 (R-3.6)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	方法,RSQLite，igraph，S4Vectors，情节，reactome.db，AnnotationDbi，SummarizedExperiment，SingleCellExperiment，nnTensor(> = 1.1.5),ccTensor(> = 1.0.2中),rTensor(> = 1.4.8),abind，plotrix，的热图，tagcloud，rmarkdown，BiocStyle，knitr，AnnotationHub，MeSHDbi(>= 1.29.2)， grDevices, graphics, stats, utils，离群值，类别，meshr(> = 1.99.1),GOstats，ReactomePA，剂量，蜡笔，使彻底失败，BiocManager，visNetwork，schex，ggplot2
链接
建议	testthat，LRBaseDbi，修拉，scTGIF，Homo.sapiens
SystemRequirements
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包档案

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源包	scTensor_2.6.0.tar.gz
Windows二进制	scTensor_2.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	scTensor_2.6.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/scTensor
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/ sc张量
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scTensor/
软件包下载报告	下载数据