scpipe
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
doi：10.18129/b9.bioc.scpipe
单细胞RNA-seq数据分析的管道
生物导体版本：版本（3.13）
从FASTQ文件开始，并生成具有关联质量控制信息的基因计数矩阵的单元RNA-seq数据的预处理管道。它可以处理由Cel-Seq，Mars-Seq，Drop-Seq，Chromium 10X和Smart-Seq协议生成的FASTQ数据。
作者：Luyi Tian
维护者：luyi tian
引用（从r内，输入引用（“ scpipe”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ scpipe”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ scpipe”）
| html | R脚本 | SCPIPE：3'端SCRNA-SEQ数据的灵活数据预处理管道 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.14.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.6（R-3.4）（3.5岁） |
| 执照 | GPL（> = 2） |
| 要看 | r（> = 3.4），GGPLOT2， 方法，Singlecellexperiment |
| 进口 | Rhtslib，，，，Biomart，，，，ggally，，，，大量的，，，，mclust，，，，RCPP（> = 0.11.3），重塑，，，，生物基因，，，，鲁棒，，，，秤，utils，统计，S4VECTORS，，，，总结性特征，，，，AnnotationDbi，，，，org.hs.eg.db，，，，org.mm.eg.db，，，，Stringr，，，，rtracklayer，，，，哈希，，，，dplyr，，，，基因组机，，，，马格里特，，，，胶水（> = 1.3.0），rlang，，，，评分（> = 1.11.0） |
| 链接 | RCPP，，，，Rhtslib（> = 1.13.1），Zlibbioc，，，，测试 |
| 建议 | rsubread，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试 |
| 系统要求 | C ++ 11，GNU制作 |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/luyitian/scpipe |
| BugReports | https://github.com/luyitian/scpipe |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | scpipe_1.14.0.tar.gz |
| Windows二进制 | scpipe_1.14.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | scpipe_1.14.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scpipe |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/scpipe |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/scpipe/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
