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scGPS
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DOI:10.18129 / B9.bioc.scGPS
单细胞亚群的完整分析，从鉴定亚群到分析它们之间的关系(scGPS =单细胞亚群的全球预测)
生物导体版本:发布(3.13)
该包实现了两个主要算法来回答两个关键问题:用SCORE(最优分辨率下的稳定聚类)来寻找亚种群，然后用scGPS来调查亚种群之间的关系。
作者:Quan Nguyen [aut, cre]， Michael Thompson [aut]， Anne Senabouth [aut]
维护者:全阮<全。阮在uq.edu.au >
引文(从R中输入引用(“scGPS”))：
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!安装BiocManager::install("scGPS")
有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“scGPS”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 单细胞整体命运亚群的潜力 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.6.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.10 (R-3.6)(1.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (> = 3.6),SummarizedExperiment，dynamicTreeCut，SingleCellExperiment |
| 进口 | glmnet(> 2.0),脱字符号(> = 6.0),ggplot2(> = 2.2.1),fastcluster，dplyr，Rcpp，RcppArmadillo，RcppParallel、grDevices、graphics、stats、utils、DESeq2，locfit |
| 链接 | Rcpp，RcppArmadillo，RcppParallel |
| 建议 | 矩阵(> = 1.2),testthat，knitr平行,rmarkdown，RColorBrewer，ReactomePA，clusterProfiler，cowplot，org.Hs.eg.db，reshape2，xlsx，dendextend，networkD3，Rtsne，BiocParallel，e1071，WGCNA，devtools，剂量 |
| SystemRequirements | GNU使 |
| 增强了 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/IMB-Computational-Genomics-Lab/scGPS/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | scGPS_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | scGPS_1.6.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | scGPS_1.6.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scGPS |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scGPS |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/scGPS/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
