Bioconductor版本:版本(3.16)
scDDboost R包分析单细胞表达数据的分布变化之间的两个实验条件。相比于其他方法,评估微分表达式,scDDboost好处独特的传达的信息聚类的细胞细胞亚型。通过小说gene-specific经验贝叶斯公式计算后验概率的边际分布表达式相同(或不同)之间的两个条件。实现scDDboost将能够表达数据在每一个条件负二项分布的混合物。
作者:Xiuyu马(cre, aut),迈克尔·a·牛顿(施)
维修工:马Xiuyu < watsonforfun gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“scDDboost”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“scDDboost”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“scDDboost”)
HTML | R脚本 | scDDboost教程 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 |
版本 | 1.0.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.16 (r - 4.2)(< 6个月) |
许可证 | GPL (> = 2) |
取决于 | R (> = 4.2),ggplot2 |
进口 | Rcpp(> = 0.12.11),RcppEigen(> = 0.3.2.9.0),EBSeq,BiocParallel,mclust,SingleCellExperiment,集群,Oscope,SummarizedExperiment、统计数据、方法 |
链接 | Rcpp,RcppEigen,黑洞 |
建议 | knitr,rmarkdown,BiocStyle,testthat |
SystemRequirements | c++ 11 |
增强了 | |
URL | https://github.com/wiscstatman/scDDboost |
BugReports | https://github.com/wiscstatman/scDDboost/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | scDDboost_1.0.0.tar.gz |
Windows二进制 | scDDboost_1.0.0.zip |
macOS二进制(x86_64) | scDDboost_1.0.0.tgz |
macOS二进制(arm64) | scDDboost_1.0.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scDDboost |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scDDboost |
Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/scDDboost/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/scDDboost/ |
包下载报告 | 下载数据 |