scDDboost

DOI:10.18129 / B9.bioc.scDDboost

组合模型来评估从单细胞rna-seq数据表达的变化

Bioconductor版本:版本(3.16)

scDDboost R包分析单细胞表达数据的分布变化之间的两个实验条件。相比于其他方法,评估微分表达式,scDDboost好处独特的传达的信息聚类的细胞细胞亚型。通过小说gene-specific经验贝叶斯公式计算后验概率的边际分布表达式相同(或不同)之间的两个条件。实现scDDboost将能够表达数据在每一个条件负二项分布的混合物。

作者:Xiuyu马(cre, aut),迈克尔·a·牛顿(施)

维修工:马Xiuyu < watsonforfun gmail.com >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“scDDboost”)

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细节

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版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(< 6个月)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 4.2),ggplot2
进口	Rcpp(> = 0.12.11),RcppEigen(> = 0.3.2.9.0),EBSeq,BiocParallel,mclust,SingleCellExperiment,集群,Oscope,SummarizedExperiment、统计数据、方法
链接	Rcpp,RcppEigen,黑洞
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,testthat
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/wiscstatman/scDDboost
BugReports	https://github.com/wiscstatman/scDDboost/issues
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包档案

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源包	scDDboost_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	scDDboost_1.0.0.zip
macOS二进制(x86_64)	scDDboost_1.0.0.tgz
macOS二进制(arm64)	scDDboost_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scDDboost
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scDDboost
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scDDboost/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scDDboost/
包下载报告	下载数据