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scBFA
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DOI:10.18129 / B9.bioc.scBFA
一种使用基因检测模式来降低scRNA-seq噪声表达谱的降维工具
Bioconductor版本:发行版(3.13)
该软件包旨在通过二元因子分析模型对scRNA-seq的基因检测模式进行建模。该模型允许用户传递到细胞水平的协变量矩阵X和基因水平的协变量矩阵Q，以解释妨害方差(e。G批处理效应)，输出低维嵌入矩阵供下游分析。
作者:李若欣[aut, cre]， Gerald Quon [aut]
维护者:李若欣
引文(从R内，输入引用(“scBFA”))：
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("scBFA")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“scBFA”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | scRNA-seq基因检测分析 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.6.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.10 (R-3.6)(1.5年) |
| 许可证 | GPL-3 +文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 3.6) |
| 进口 | SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，修拉，质量，zinbwave统计数据,连系动词，ggplot2，DESeq2， utils，网格，方法，矩阵 |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，rmarkdown，testthat，Rtsne |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/ucdavis/quon-titative-biology/BFA |
| BugReports | https://github.com/ucdavis/quon-titative-biology/BFA/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | scBFA_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | scBFA_1.6.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | scBFA_1.6.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scBFA |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scBFA |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/scBFA/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
