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scAlign
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DOI:10.18129 / B9.bioc.scAlign
一种用于单细胞基因组学的比对和整合方法
生物导体版本:发布(3.13)
一种无监督深度学习方法，用于跨数据集(条件、组织、物种)的组学数据(例如，基因表达)的数据对齐、整合和估计单个细胞差异。参见Johansen and Quon (2019)
作者:Nelson Johansen [aut, cre]， Gerald Quon [aut]
维护人员:Nelson Johansen
引文(从R中输入引用(“scAlign”))：
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!安装BiocManager::install("scAlign")
有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“scAlign”)
| R脚本 | alignment_tutorial | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.6.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.9 (R-3.6)(2年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (> = 3.6),SingleCellExperiment(> = 1.4),修拉(> = 2.3.4),tensorflow，purrr，irlba，Rtsne，ggplot2、方法、跑龙套模糊神经网络 |
| 进口 | |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，rmarkdown，testthat |
| SystemRequirements | Python (< 3.7)， tensorflow |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/quon-titative-biology/scAlign |
| BugReports | https://github.com/quon-titative-biology/scAlign/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | scAlign_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | scAlign_1.6.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | scAlign_1.6.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scAlign |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scAlign |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/scAlign/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
