萨克斯

doi：10.18129/b9.bioc.sarks

后缀阵列内核平滑，以发现相关序列基序和多模拟域

生物导体版本：版本（3.15）

后缀阵列内核平滑（请参阅https://academic.up.com/bioinformatics/article-abstrics/35/20/20/3944/5418797）或sarks，或者识别序列主题，其存在的序列主题与数字得分（例如差异表达统计数据）相关的序列主题分配给序列（例如基因启动子）。Sarks在序列相似性上平滑，根据完整的输入序列在后缀阵列中量化的位置。序列内的第二轮平滑距离近距离揭示了多动物域。然后可以根据MMD中的邻接合并或扩展发现的图案。假阳性率由排列测试估计和控制。

作者：Dennis Wylie [AUT，CRE]

维护者：dennis wylie > denniscwylie>

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ Sarks”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

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Browsevignettes（“ Sarks”）

PDF	R脚本	Sarks-Vignette
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	1.8.0
在生物导体中	Bioc 3.11（R-4.0）（2年）
执照	bsd_3_clause +文件执照
要看	R（> = 4.0）
进口	rjava，，，，生物弦，，，，iranges，utils，统计，簇，，，，Binom
链接
建议	运行，，，，生物基因，，，，GGPLOT2
系统要求	Java（> = 1.8）
增强
URL	https://academic.up.com/bioinformatics/article-abstract/35/20/3944/5418797https://github.com/denniscwylie/sarks
BugReports	https://github.com/denniscwylie/sarks/issues
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包装档案

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源包	sarks_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	sarks_1.8.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	sarks_1.8.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sarks
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/sarks
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/sarks/
软件包下载报告	下载统计