sangeranalyseR

DOI:10.18129 / B9.bioc.sangeranalyseR

桑格分析器:R中桑格序列数据分析的一套函数

Bioconductor版本:发行版(3.13)

这个包构建在sangerseqR上，允许用户从Sanger测序读取的集合中创建contigs。它为许多常用的操作提供了广泛的选项，包括读修整、检测次要峰值和使用引用序列检测索引。所有参数都可以在R或相关的Shiny应用程序中进行交互调整。有大量的在线文档，该软件包可以输出详细的HTML报告，包括色谱图。

作者:Rob Lanfear < Rob。lanfear在gmail.com>， Chao宽皓howard在gmail.com>

维护人员:Kuan-Hao Chao

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("sangeranalyseR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“sangeranalyseR”)

超文本标记语言	R脚本	sangeranalyseR
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 4.0.0)，stringr，猿，Biostrings，解读平行,reshape2，phangorn，sangerseqR，gridExtra，闪亮的，shinydashboard，shinyjs，data.table，情节，DT，zeallot，excelR，shinycssloaders，ggdendro，shinyWidgets，openxlsx、工具、rmarkdown，kableExtra，seqinr，BiocStyle，日志记录器
进口
链接
建议	knitr，testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	sangeranalyseR_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	sangeranalyseR_1.2.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	sangeranalyseR_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sangeranalyseR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/sangeranalyseR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sangeranalyseR/
软件包下载报告	下载数据