sSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.sSeq

收缩估计的色散RNA-seq负二项模型实验与小样本大小

Bioconductor版本:版本(3.17)

这个包的目的是发现两个条件之间的差异表达的基因RNA-seq实验。基因表达以项记录和建模与负二项分布(NB)使用收缩分散估计方法。矩量法(MM)分散估计正朝着估计目标,缩小,减少收缩估计的平均平方区别和最初的估计。注下的每个基因概率计算模型,并用来测试的假设预期的一个基因的表达在两个条件相同NB分布。

作者:丹尼在purdue.edu <大叶>,沃尔夫冈·胡贝尔在embl.de > < whuber,奥尔加Vitek < ovitek purdue.edu >

维护人员:丹尼Yu在purdue.edu <大叶>

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“sSeq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“sSeq”)

PDF	R脚本	sSeq
PDF		参考手册

细节

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版本	1.38.0
Bioconductor自	BioC 2.13 (r - 3.0)(9.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.0), caTools RColorBrewer
进口
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	MLSeq
建议我	NBLDA
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	sSeq_1.38.0.tar.gz
Windows二进制	sSeq_1.38.0.zip
macOS二进制(x86_64)	sSeq_1.38.0.tgz
macOS二进制(arm64)	sSeq_1.38.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sSeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ sSeq
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/sSeq/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sSeq/
包下载报告	下载数据