rtracklayer
DOI:
10.18129 / B9.bioc.rtracklayer
R界面到基因组注释文件和UCSC基因组浏览器
Bioconductor版本:发行版(3.13)
可扩展的框架，用于与多个基因组浏览器交互(目前内置UCSC)，并以各种格式操作注释轨道(目前内置GFF、BED、bedGraph、BED15、WIG、BigWig和2bit)。用户可以从受支持的浏览器中导出/导入曲目，以及查询和修改浏览器状态，例如当前的视口。
作者:迈克尔·劳伦斯，文斯·凯里，罗伯特·绅士
维护者:Michael Lawrence
引文(从R内，输入引用(“rtracklayer”))：
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“rtracklayer”)
细节
| biocViews |
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| 版本 |
1.52.0 |
| 在Bioconductor |
BioC 2.2 (R-2.7)(13年) |
| 许可证 |
art -2.0 +文件许可证 |
| 取决于 |
R(>= 3.3)，方法，GenomicRanges(> = 1.37.2) |
| 进口 |
XML(1.98 > = 0),BiocGenerics(> = 0.35.3),S4Vectors(> = 0.23.18),IRanges(> = 2.13.13),XVector(> = 0.19.7),GenomeInfoDb(> = 1.15.2),Biostrings(> = 2.47.6),zlibbioc，RCurl(> = 1.4 2),Rsamtools(> = 1.31.2),GenomicAlignments(> = 1.15.6),BiocIO、工具、restfulr(> = 0.0.13) |
| 链接 |
S4Vectors，IRanges，XVector |
| 建议 |
BSgenome(> = 1.33.4),humanStemCell，微(> = 1.1.1),genefilter，limma，org.Hs.eg.db，hgu133plus2.db，GenomicFeatures，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，RUnit |
| SystemRequirements |
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| 增强了 |
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| URL |
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| 全靠我 |
BRGenomics，BSgenome，CAGEfightR，ChIPComp，ChIPSeqSpike，CoverageView，CSSQ，腰带，EatonEtAlChIPseq，ExCluster，geneXtendeR，GenomicFiles，groHMM，吉他，HelloRanges，IdeoViz，liftOver，MethylSeekR，ORFhunteR，r3Cseq，测序，StructuralVariantAnnotation |
| 进口我 |
阿尔卑斯山脉，AnnotationHubData，annotatr，APAlyzer，ASpediaFI，ATACseqQC，舞会礼服，BgeeCall，biscuiteer，BiSeq，分歧点，BSgenome，篮球选手，卡斯珀，CexoR，ChIPanalyser，chipenrich，chipenrich.data，ChIPpeakAnno，ChIPseeker，ChromHeatMap，ChromSCape，chromswitch，circRNAprofiler，cn，彗星，compartmap，CompGO，consensusSeekeR，contiBAIT，conumee，customProDB，位深蓝，derfinder，DEScan2，diffHic，diffloop，diffUTR，DMCFB，DMCHMM，DMRcatedata，dmrseq，埃尔默，ENCODExplorer，enrichTF，ensembldb，epidecodeR，epigraHMM，erma，esATAC，exomePeak2，fcScan，genbankr，geneAttribution，geneLenDataBase，GeneStructureTools，genomation，GenomicFeatures，GenomicInteractions，GenomicState，genotypeeval，ggbio，gmapR，gmoviz，哥特，GreyListChIP，Gviz，hiAnnotator，HiCDCPlus，HiTC，HTSeqGenie，icetea，igvR，检查，InTAD，IsoformSwitchAnalyzeR，karyoploteR，MACPET，MADSEQ，微波激射器，MEDIPS，metagene，metagene2，metaseqR2，methrix，methyAnalysis，methylKit，motifbreakR，MotifDb，multicrispr，NADfinder，nanotatoR，nearBynding，NoRCE，normr，OMICsPCA，ORFik，过去的，periodicDNA，plyranges，婴儿车，primirTSS，proBAMr，profileplyr，PureCN，qsea，QuasR，美国广播公司，重新计票，recount3，收回，地区，REMP，Repitools，RGMQL，RiboProfiling，ribosomeProfilingQC，RIPAT，RNAmodR，RNAprobR，咆哮，SCANVIS，scPipe，颈背，seqCAT，seqplots，seqsetvis，sevenC，SGSeq，shinyepico，SigsPack，SingscoreAMLMutations，sitadela，soGGi，srnadiff，systemPipeRdata，TFBSTools，trackViewer，transcriptR，tRNAscanImport，TSRchitect，VariantAnnotation，VariantTools，wavClusteR，wiggleplotr |
| 建议我 |
高山，AnnotationHub，自治，BiocFileCache，biovizBase，bsseq，chipseqDB，西塞罗，CINdex，compEpiTools，CrispRVariants，DAMEfinder，dasper，dsQTL，eisaR，EpiTxDb.Hs.hg38，EpiTxDb.Sc.sacCer3，epivizrChart，epivizrData，FDb.FANTOM4.promoters.hg19，geneXtendeR，GenomicAlignments，GenomicDistributions，GenomicRanges，GeuvadisTranscriptExpr，goseq，gwascat，InPAS，interactiveDisplay，megadepth，methylumi，miRBaseConverter，MutationalPatterns，纳米管，OrganismDbi，PasillaTranscriptExpr，π，图片，平，pipeFrame，pqsfinder，R453Plus1Toolbox，RcisTarget，rGADEM，林格，RNAmodR。AlkAnilineSeq，RNAmodR。毫升，RNAmodR。RiboMethSeq，RnBeads，RSVSim，签名者，similaRpeak，spatialLIBD，SynExtend，TAPseq，TCGAutils，三层，tRNAdbImport，TVTB |
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