ribosomeProfilingQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.ribosomeProfilingQC

核糖体分析质量控制

Bioconductor版本:版本(3.15)

Ribo-Seq(也叫核糖体分析或碳足迹)措施translatome(与RNA-Seq序列转录组)的直接量化ribosome-protected片段(rpf)。这个包提供了核糖体的质量评估分析的工具。此外,它可以为随后的微分分析中的Ribo-Seq数据进行预处理。

作者:Jianhong Ou (aut (cre),玛丽亚·Hoye (aut)

维护人员:Jianhong Ou <,或者在duke.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ribosomeProfilingQC”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ribosomeProfilingQC”)

HTML	R脚本	ribosomeProfilingQC装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2年)
许可证	GPL(> = 3) +文件许可证
取决于	R (> = 4.0),GenomicRanges
进口	AnnotationDbi,BiocGenerics,Biostrings,BSgenome,EDASeq,GenomicAlignments,GenomicFeatures,GenomeInfoDb,IRanges、方法、motifStack,rtracklayer,Rsamtools,RUVSeq,Rsubread,S4Vectors,XVector,ggplot2,ggfittext,尺度,ggrepel跑龙套,集群、统计数据、图形、网格
链接
建议	RUnit,BiocStyle,knitr,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10,刨边机,limma,testthat,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ribosomeProfilingQC_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	ribosomeProfilingQC_1.8.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	ribosomeProfilingQC_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ribosomeProfilingQC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ribosomeProfilingQC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ribosomeProfilingQC/
包下载报告	下载数据