地区报告

doi:10.18129/b9.bioc.RegionReport

生成一组基因组区域或DESEQ2/EDGER结果的HTML或PDF报告

生物导体版本:版本(3.15)

生成HTML或PDF报告,以探索一组区域,例如在Derfinder执行的基本对分辨率下对RNA-Seq数据的注释 - 敏捷表达分析的结果。您还可以为DESEQ2或EDGER结果创建报告。

作者:Leonardo Collado-Torres [AUT,CRE],Andrew E. Jaffe [aut],Jeffrey T. Leek [Aut,THS]

维护者:leonardo collado-torres

引用(从r内,输入引用(“区域报告”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ regionSreeport”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ RegineReport”)

html R脚本 使用Bumphunter结果的示例报告
html R脚本 区域报告简介
PDF 参考手册
文本 消息

细节

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版本 1.30.0
在生物导体中 Bioc 3.0(R-3.1)(7。5年)
执照 艺术2.0
要看 R(> = 3.2)
进口 生物使用(> = 2.5.19),德芬德(> = 1.25.3),变形,,,,deseq2,,,,GenomeInfodB,,,,基因组机,,,,尼特(> = 1.6),Knitrbootstrap(> = 0.9.0),方法,Refmanager,,,,rmarkDown(> = 0.9.5),S4VECTORS,,,,总结性特征,UTILS
链接
建议 生物管理器,,,,Biovizbase,,,,Bumphunter(> = 1.7.6),derfinderplot(> = 1.29.1),SessionInfo,,,,DT,,,,EDGER,,,,GGBIO(> = 1.35.2),GGPLOT2, 网格,栅格,,,,iranges,,,,MGCV,,,,帕西拉,,,,pheatmap,,,,rcolorbrewer,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19,,,,晶须
系统要求
增强
URL https://github.com/leekgroup/regionreport
BugReports https://support.bioconductor.org/t/regionreport/
取决于我
进口我 recountworkflow
建议我 叙事
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 regionreport_1.30.0.tar.gz
Windows二进制 reamreport_1.30.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) regionreport_1.30.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/regionreport
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:套餐/区域报告
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/regionreport/
软件包下载报告 下载统计

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