- 家
- Biocumon 3.12.
- 软件包
- 补偿
补偿
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DOI：10.18129 / b9.bioc.recoup.
一个R包，用于创建复杂的基因组谱图
Biocometiond版本：释放（3.12）
REGOUP计算和从来自下一代测序技术的短序列读取创建的信号配置文件。提供的配置文件是Sumarized曲线简档或热图配置文件。目前，REGOUP支持来自芯片SEQ和RNA-SEQ实验的读取的基因组分布图。该包装使用GGPLOT2和ComplexHeatMap图形设施，分别用于曲线和热图覆盖型材。
作者：Panagiotis Moulos
维护者：Panagiotis Moulos
引文（从R内，输入引文（“恢复”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：
if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager :: install（“room”）
对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。
文件
要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：
BROWSEVIGNETTES（“REGOUP”）
| HTML. | r script. | 收缩包简介 |
| PDF. | 参考手册 | |
| 文本 | 消息 |
细节
| Biocviews. | bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.18.0. |
| 在生物导体中以来 | BIOC 3.3（R-3.3）（5年） |
| 执照 | GPL（> = 3） |
| 依靠 | r（> = 4.0.0），Genomicranges.那基因管理那ggplot2.那ComplexHeatMap. |
| 进口 | 生物根系那生物雕那盘旋那genomeinfodb.那基因组法，图形，grdevices，httr.，方法，平行，rsqlite.那RSAMTOOLS.那rtracklayer.那S4Vectors.，统计，stringr.，实用程序 |
| 链接到 | |
| 建议 | 网格，生物焦那kn那RAMAMAMDOW.那动物园那运行那Biocmanager.那bsgenome.那RMYSQL. |
| 系统要求 | |
| 加强 | |
| URL. | https://github.com/pmoulos/recoup. |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接给我 | |
| 建立报告 |
包档案包
跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。
| 源包 | Regoup_1.18.0.tar.gz. |
| Windows二进制文件 | Regoup_1.18.0.zip. |
| Macos 10.13（高塞拉） | Regoup_1.18.0.tgz. |
| 源存储库 | git clone https://git.biocumon.org/packages/recoup. |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.biocondion.org：包/收复 |
| 包短网址 | https://biocumon.org/packages/recoup/ |
| 包裹下载报告 | 下载统计信息 |
