RCGH

doi:10.18129/b9.bioc.rcgh

用于分析和可视化基于阵列的CGH数据的综合管道

生物导体版本:版本(3.15)

通过商业或自定义ACGH阵列生成的全面分析和交互式可视化基因组轮廓的综合管道。作为输入,RCGH支持Agilent双色特征提取文件(.txt),从44到400K,Affymetrix snp6.0和cytoscanhd propeset.txt,cychp.txt和cnchp.txt文件从CHAS或Affymetrix Power Tools导出。RCGH还支持自定义阵列,前提是数据符合预期格式。该软件包接管了单个基因组概况分析所需的所有步骤,从读取文件到分割分割和基因注释。该软件包还提供了几个可视化功能(静态或交互式),以促进单个配置文件的解释。输入文件可以是压缩格式的,例如.bz2或.gz。

作者:弗雷德里克·普通(Frederic Commo)[AUT,CRE]

维护者:frederic commo

引用(从r内,输入引用(“ RCGH”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)Biocmanager :: install(“ RCGH”)

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文档

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PDF R脚本 使用RCGH软件包
PDF 参考手册
文本 消息

细节

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版本 1.26.0
在生物导体中 Bioc 3.2(R-3.2)(6。5年)
执照 艺术2.0
要看 r(> = 3.4),方法,统计,utils,图形
进口 plyr,,,,DNACOPIGY,,,,格子,,,,GGPLOT2, 网格,闪亮的(> = 0.11.1),林玛,,,,副词,,,,mclust,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg18.nown,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown,,,,org.hs.eg.db,,,,GenomicFeatures,,,,GenomeInfodB,,,,基因组机,,,,AnnotationDbi, 平行,iranges,grdevices,ACGH
链接
建议 生物使用,,,,尼特,,,,生物基因,,,,运行
系统要求
增强
URL https://github.com/fredcommo/rcgh
取决于我
进口我 Precisetad
建议我 排除
链接到我
构建报告

包装档案

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源包 rcgh_1.26.0.tar.gz
Windows二进制 rcgh_1.26.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) rcgh_1.26.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rcgh
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/rcgh
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/rcgh/
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