qmtools

DOI:10.18129 / B9.bioc.qmtools

定量代谢组学数据处理工具

Bioconductor版本:版本(3.15)

qmtools(定量代谢组学工具)包提供了基本的工具来处理定量代谢组学数据与标准SummarizedExperiment类。这包括功能归责,规范化,过滤功能,功能集群、降维,可视化帮助用户准备的数据统计分析。几个函数在这个包也可以用于其他类型的组学数据。

作者:Jaehyun Joo (aut (cre),布兰卡为了(aut)

维护人员:Jaehyun Joo < jaehyunjoo outlook.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“qmtools”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“qmtools”)

HTML	R脚本	定量代谢组学数据处理
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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2.0),SummarizedExperiment
进口	rlang,ggplot2,拼接而成,的热图、方法、MsCoreUtils统计数据,igraph,VIM,尺度、grDevices、图形
链接
建议	limma,Rtsne,missForest,vsn,pcaMethods,请,MsFeatures,嫁祸于,imputeLCMD,nlme,testthat(> = 3.0.0),BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/HimesGroup/qmtools
BugReports	https://github.com/HimesGroup/qmtools/issues
取决于我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	qmtools_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	qmtools_1.0.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	qmtools_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/qmtools
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ qmtools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/qmtools/
包下载报告	下载数据