ptairMS

DOI:10.18129 / B9.bioc.ptairMS

预处理PTR-TOF-MS数据

Bioconductor版本:版本(3.16)

这个方案实现了一套方法预处理数据从PTR-TOF-MS仪器(HDF5格式)并生成的样本特征表的峰值强度除了样本和特征元数据(如一个ExpressionSet对象为后续统计分析)。这个包还允许有用工具军团管理逐步分析数据,可视化工具和质量控制。到期的步骤包括校准、检测、峰值检测和量化,功能定位,缺失值归责和功能注释。应用程序能够呼出空气和细胞培养在顶部空间中描述小插曲和例子。这个包是用于数据分析Gassin Delyle研究成年人接受侵入性机械通气在重症监护室由于严重COVID-19或non-COVID-19急性呼吸窘迫综合征(ARDS),并允许identfy四potentiel biomarquers的感染。

作者:卡米尔Roquencourt (aut (cre)

维护人员:卡米尔Roquencourt <卡米尔。在hotmail.fr roquencourt >

从内部引用(R,回车引用(“ptairMS”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ptairMS”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ptairMS”)

HTML R脚本 ptaiMS: PTR-TOF-MS数据的处理和分析
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细节

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版本 1.6.0
Bioconductor自 BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证 GPL-3
取决于
进口 Biobase,bit64,时间,data.table,doParallel,DT,enviPat,foreach,ggplot2、图形、grDevicesggpubr,gridExtra,Hmisc、方法、minpack.lm,MSnbase平行,情节,rhdf5,rlang,Rcpp,闪亮的,shinyscreenshot,信号,尺度统计,跑龙套
链接 Rcpp
建议 knitr,rmarkdown,BiocStyle,testthat(> =魅惑,ptairData,ropls
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/camilleroquencourt/ptairMS/issues
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 ptairMS_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 ptairMS_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64) ptairMS_1.6.0.tgz
macOS二进制(arm64) ptairMS_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ptairMS
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ptairMS
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/ptairMS/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ptairMS/
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