后代

DOI:10.18129 / B9.bioc.progeny

从基因表达推断活性的通路响应基因

Bioconductor版本:Release (3.15)

PROGENy是一种资源,它利用了大量公开可用的信号扰动实验,以产生人类和小鼠通路响应基因的共同核心。这些,加上任何统计方法,可以用来推断通路活动从批量或单细胞转录组。

作者:Michael Schubert [aut], Alberto Valdeolivas [ctb]——克里斯蒂安·h·霍兰德[ctb],伊戈尔·布拉诺夫[ctb], Aurélien杜古尔德[cre, ctb]

维护者:Aurélien Dugourd

引文(从R内,输入引用(“后代”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“后代”)

超文本标记语言 R脚本 PROGENy通路特征
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细节

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版本 1.18.0
在Bioconductor BioC 3.6 (R-3.4)(4.5年)
许可证 Apache License(== 2.0) |文件许可证
取决于 R (>= 3.6.0)
进口 Biobase统计数据,dplyrtidyrggplot2ggrepelgridExtra解耦reshape2
链接
建议 气道biomaRtBiocFileCache扫帚修拉SingleCellExperimentDESeq2BiocStyleknitrreadrreadxlpheatmap宠物猫rmarkdowntestthat(> = 2.1.0的)
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增强了
URL https://github.com/saezlab/progeny
BugReports https://github.com/saezlab/progeny/issues
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源包 progeny_1.18.0.tar.gz
Windows二进制 progeny_1.18.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) progeny_1.18.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/progeny
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/子代
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/progeny/
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