profileplyr

doi:10.18129/b9.bioc.profileplyr

基因组范围内的读取信号的可视化和注释与profileplyr

生物导体版本:版本(3.13)

基因组间隔上读取信号的快速而直接的可视化是从测序数据集生成假设的关键(例如chip-seq,atac-seq,bisulfite/bisulfite/甲基seq)。R内部和外部的许多工具都可以探索这些类型的数据,它们通常从大翅膀或BAM文件开始,并以信号的某些表示(例如热图)结束。profileplyr利用许多生物导体工具允许在工作流程中以读取信号的可视化结束的工作流程中的灵活性和其他功能。

作者:汤姆·卡罗尔(Tom Carroll)和道格·巴罗斯(Doug Barrows)

维护者:tom carroll ,道格·巴罗斯(Doug Barrows)

引用(从r内,输入引用(“ profileplyr”)):

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if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ profileplyr”)

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版本 1.8.0
在生物导体中 Bioc 3.9(R-3.6)(2年)
执照 GPL(> = 3)
要看 r(> = 3.6),生物基因,,,,总结性特征
进口 基因组机,统计soggi,方法,utils,S4VECTORS,,,,r.utils,,,,dplyr,,,,马格里特,,,,花花公子,,,,iranges,,,,rjson,,,,Chipseeker,,,,GenomicFeatures,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown,,,,txdb.mmusculus.ucsc.mm10.nowngene,,,,txdb.mmusculus.ucsc.mm9,,,,org.hs.eg.db,,,,org.mm.eg.db,,,,rgreat,,,,pheatmap,,,,GGPLOT2,,,,富集图,,,,复杂的图像, 网格,循环,,,,生物比较,,,,rtracklayer,,,,GenomeInfodB,grdevices,rlang,,,,开罗,,,,tiff
链接
建议 生物使用,,,,测试,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,PNG,,,,rsamtools
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Windows二进制 profileplyr_1.8.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) profileplyr_1.8.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/profileplyr
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/profileplyr
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/profileplyr/
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