Precisetad
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
doi：10.18129/b9.bioc.precisetad
Precisetad：精确TAD边界预测的机器学习框架
生物导体版本：版本（3.15）
Precisetad提供的功能可以预测基础水平分辨率以拓扑相关域（TAD）和染色质环的边界的位置。作为一个输入，它采用从低分辨率HI-C数据检测到的域边界的床形成基因组坐标，以及从编码或其他联盟中的高分辨率基因组注释的坐标。Precisetad采用了几种功能工程策略和重新采样技术来解决阶级不平衡，并训练一个优化的随机森林模型来预测低分辨率域边界。Precisetad在基础级别上翻译，预测了每个碱基为边界的概率。基于密度的聚类和可扩展分配技术用于检测精确的边界区域和峰值点。与低分辨率边界相比，CTCF，RAD21，SMC3和ZNF143信号高度富含Precisetad边界，并且在细胞系之间更加保守。预先训练的模型可以使用CTCF，RAD21，SMC3和ZNF143注释数据准确预测另一个单元线中的边界。
作者：Spiro Stilianoudakis [aut]，Mikhail Dozmorov [Aut，CRE]
维护者：mikhail dozmorov
引用（从r内，输入引用（“ Precisetad”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ precisetad”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Precisetad”）
| html | R脚本 | Precisetad |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 | |
| 文本 | 执照 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.6.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.12（R-4.0）（1。5年） |
| 执照 | 麻省理工学院 +文件执照 |
| 要看 | R（> = 4.1） |
| 进口 | S4VECTORS，，，，iranges，，，，基因组机，，，，Randomforest，，，，Modelmetrics，，，，E1071，，，，prroc，，，，Proc，，，，商在，utils，簇，，，，dbscan，，，，Dosnow，，，，foreach，，，，pbapply，统计，并行，gtools，，，，RCGH |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，生物检查，，，，生物管理器，，，，生物使用 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/dozmorovlab/precisetad |
| BugReports | https://github.com/dozmorovlab/precisetad/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | Precisetadhub |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | precisetad_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | precisetad_1.6.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | precisetad_1.6.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/precisetad |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/precisetad |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/precisetad/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
