Plotgardener

doi：10.18129/b9.bioc.plotgardener

R的基于坐标的基因组可视化软件包

生物导体版本：版本（3.15）

为R的基于坐标的基因组可视化软件包。它使用户能够通过编程性生产复杂的多块板图。Plotgardener为基因组学量身定制，允许用户可视化大型复杂的基因组数据集，并对图表的放置和排列方式提供精美的控制。

作者：妮可·克莱默（Nicole Kramer）[AUT，CRE]，Eric S. Davis [AUT]，Craig Wenger [AUT]，Sarah Parker [CTB]，Erika Deoudes [Art]，Michael Love [CTB]，Douglas H. Phanstiel [AUT，CPH]

维护者：妮可·克莱默（Nicole Kramer）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ Plotgardener”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Plotgardener”）

html	R脚本	Plotgardener简介
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	1.2.10
在生物导体中	Bioc 3.14（R-4.1）（1年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	R（> = 4.1.0）
进口	卷曲，，，，Data.Table，，，，dplyr，grdevices，网格，ggplotify，，，，iranges， 方法，plyranges，，，，purrr，，，，RCPP，，，，rcolorbrewer，，，，rlang，统计稻草，工具，UTILS
链接	RCPP
建议	AnnotationDbi，，，，AnnotationHub，，，，BSGENOME，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，复杂的图像，，，，GenomicFeatures，，，，GenomeInfodB，，，，基因组机，，，，GGPLOT2，，，，互动集，，，，尼特，，，，org.hs.eg.db，，，，rtracklayer，，，，Plotgardenerdata，，，，PNG，，，，rmarkDown，，，，秤，，，，ShowText，，，，测试（> = 3.0.0），txdb.hsapiens.ucsc.hg19
系统要求
增强
URL	https://phanstiellab.github.io/plotgardenerhttps://github.com/phanstiellab/plotgardener
BugReports	https://github.com/phanstiellab/plotgardener/issues
取决于我
进口我	Ularcirc
建议我	nullranges
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	plotgardener_1.2.10.tar.gz
Windows二进制	plotgardener_1.2.9.9.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	plotgardener_1.2.10.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/plotgardener
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/plotgardener
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/plotgardener/
软件包下载报告	下载统计
Bioc 3.15的旧源软件包	来源存档