- 首页
- Bioconductor 3.15
- 软件包
- periodicDNA
periodicDNA
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
DOI:10.18129 / B9.bioc.periodicDNA
一套工具来识别k-mers在DNA序列中的周期性出现
Bioconductor版本:Release (3.15)
该R包可帮助用户识别一组基因组位点(通常是调控元件)中周期性出现的k-mers(例如二核苷酸或三核苷酸)。该包的功能提供了一种直接的方法来发现k-mers在DNA序列中的周期性出现，如调控元件。它的目的不是识别被保守距离隔开的母题;如需此类分析，请访问MEME网站。
作者:Jacques Serizay [aut, cre]
维护者:Jacques Serizay
引文(从R内，输入引用(“periodicDNA”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“periodicDNA”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 周期性dna简介 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.6.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年) |
| 许可证 | GPL-3 +文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 4.0)，Biostrings，GenomicRanges，IRanges，BSgenome，BiocParallel |
| 进口 | S4Vectors，rtracklayer统计数据,GenomeInfoDb，magrittr，动物园，ggplot2，方法，并行，cowplot |
| 链接 | |
| 建议 | BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3，BSgenome.Celegans.UCSC.ce11，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，网状，testthat，covr，knitr，rmarkdown，pkgdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/js2264/periodicDNA |
| BugReports | https://github.com/js2264/periodicDNA/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | periodicDNA_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | periodicDNA_1.6.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | periodicDNA_1.6.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/periodicDNA |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/periodicDNA |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/periodicDNA/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
