Paxtoolsr
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doi：10.18129/b9.bioc.paxtoolsr
通过Biopax和Pathway Commons访问多个数据库的访问途径
生物导体版本：版本（3.15）
该软件包提供了一组R函数，用于使用PAXTools和查询路径CONSON（PC）分子交互数据库与Biopax Owl文件进行交互。Pathway Commons是纪念Sloan-Kettering癌症中心（MSKCC），Dana-Farber癌症研究所（DFCI）和多伦多大学的一个项目。途径Commons数据库包括：结合，Biogrid，Corum，CTD，DIP，药物库，HPRD，Humancyc，完整，kegg，Mirtarbase，Panther，Panther，Phosphospedplus，Reactome，Reactome，Recon，Recon，TransFac。
作者：Augustin Luna [AUT，CRE]
维护者：Augustin Luna
引用（从r内，输入引用（“ paxtoolsr”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ Paxtoolsr”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ paxtoolsr”）
| html | R脚本 | 使用paxtoolsr |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.30.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.0（R-3.1）（7。5年） |
| 执照 | LGPL-3 |
| 要看 | r（> = 3.2），rjava（> = 0.9-8），方法，XML |
| 进口 | utils，httr，，，，Igraph，，，，plyr，，，，rjson，，，，r.utils，，，，jsonlite，，，，readr，，，，Rappdirs |
| 链接 | |
| 建议 | 测试，，，，尼特，，，，生物使用，，，，格式，，，，rmarkDown，，，，rcolorbrewer，，，，foreach，，，，Dosnow， 平行，org.hs.eg.db，，，，clusterProfiler |
| 系统要求 | Java（> = 1.6） |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/biopax/paxtoolsr |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | Netboxr |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | paxtoolsr_1.30.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| MacOS 10.13（高山脉） | |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/paxtoolsr |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/paxtoolsr |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/paxtoolsr/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
