PathView

doi：10.18129/b9.bioc.pathview

用于基于途径的数据集成和可视化的工具集

生物导体版本：版本（3.15）

PathView是用于基于路径的数据集成和可视化的工具集。它绘制并呈现有关相关途径图的各种生物学数据。所有用户都需要提供其数据并指定目标途径。PathView会自动下载Pathway Graph数据，解析数据文件，将用户数据映射到路径，并使用映射数据渲染路径图。此外，PathView还与途径和基因集（富集）分析工具无缝集成，用于大规模和完全自动化的分析。

作者：Weijun Luo

维护者：weijun luo

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ pathView”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ pathview”）

PDF	R脚本	PathView：基于路径的数据集成和可视化
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	1.36.0
在生物导体中	Bioc 2.12（R-3.0）（9年）
执照	GPL（> = 3.0）
依靠	R（> = 3.5.0）
进口	kegggraph，，，，XML，，，，rgraphviz，，，，图形，，，，PNG，，，，AnnotationDbi，，，，org.hs.eg.db，，，，keggrest，方法，utils
链接
建议	量规，，，，org.mm.eg.db，，，，运行，，，，生物基因
系统要求
增强
URL	https://github.com/datapplab/pathviewhttps://pathview.uncc.edu/
取决于我	bionetstat，，，，Egsea，，，，rnaseqr，，，，sbgnview
进口我	碎片器，，，，富集兄弟，，，，gdcrnatools，，，，Mageckflute，，，，tcgabiolinksgui，，，，tcgaworkflow
建议我	CageWorkFlow，，，，量规，，，，Gagedata，，，，tcgabiolinks
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	pathView_1.36.0.tar.gz
Windows二进制	PATHVIEW_1.36.0.ZIP
MacOS 10.13（高山脉）	pathview_1.36.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pathview
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/pathview
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/pathview/
软件包下载报告	下载统计