OpenPrimer
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doi：10.18129/b9.bioc.openprimer
多重PCR引物设计和分析
生物导体版本：版本（3.15）
设计，评估和比较多重PCR的引物集的方法。引物是通过解决集盖问题来设计的，以便用最小的一组引物组对覆盖的模板序列的数量最大化。为了确保生成高质量的引物，只选择了对其物理化学特性的底漆。“ OpenPrimerui”软件包提供了一个为该软件包功能提供用户界面的闪亮应用程序。
作者：MatthiasDöring[AUT，CRE]，Nico Pfeifer [aut]
维护者：MatthiasDöring
引用（从r内，输入引用（“ openprimer”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ openprimer”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ OpenPrimer”）
| html | R脚本 | OpenPrimer |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.18.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.6（R-3.4）（4。5年） |
| 执照 | GPL-2 |
| 要看 | R（> = 4.0.0） |
| 进口 | 生物弦（> = 2.38.4），XML（> = 3.98-1.4），秤（> = 0.4.0），RESHAPE2（> = 1.4.1），seqinr（> = 3.3-3），iranges（> = 2.4.8），基因组机（> = 1.22.4），GGPLOT2（> = 2.1.0），plyr（> = 1.8.4），dplyr（> = 0.5.0），字符串（> = 0.9.4.1），Stringr（> = 1.0.0），rcolorbrewer（> = 1.1-2），解码（> = 1.16.1），lpsolveapi（> = 5.5.2.0-17），消化（> = 0.6.9），HMISC（> = 3.17-4），猿（> = 3.5），生物基因（> = 0.16.1），S4VECTORS（> = 0.8.11），foreach（> = 1.4.3），马格里特（> = 1.5），干扰（> = 2.6），DISTREX（> = 2.6），fitdistrplus（> = 1.0-7），uniqtag（> = 1.0），OpenXLSX（> = 4.0.17），网格（> = 3.1.0），grdevices（> = 3.1.0），stats（> = 3.1.0），utils（> = 3.1.0），方法（> = 3.1。0） |
| 链接 | |
| 建议 | 测试（> = 1.0.2），尼特（> = 1.13），rmarkDown（> = 1.0），DevTools（> = 1.12.0），多帕尔（> = 1.0.10），潘德（> = 0.6.0），学习（> = 0.9） |
| 系统要求 | mafft（> = 7.305），寡头（> = 3.8），viennarna（> = 2.4.1），熔化（> = 5.1.1），pandoc（> = 1.12.3） |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | OpenPrimerui |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | OpenPrimer_1.18.0.tar.gz |
| Windows二进制 | OpenPrimer_1.18.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | OpenPrimer_1.18.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/openprimer |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/openprimer |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/openprimer/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
