omicplotR

DOI:10.18129 / B9.bioc.omicplotR

视觉探索使数据集使用的应用程序

Bioconductor版本:版本(3.16)

闪亮的应用视觉探索使数据集组成,并使用ALDEx2差丰度分析。用于探索RNA-seq meta-RNA-seq 16 s rRNA基因测序与主成分分析等可视化biplots(彩色可视化每个变量使用元数据),系统树图和堆叠柱形图,情节(ALDEx2)的影响。输入是一个计数表和元数据文件(如果存在元数据),带有过滤选项数据统计或元数据删除计数低,根据选择的元数据或可视化选择样本。

作者:丹尼尔Giguere (aut (cre),琼Macklaim (aut),格雷格Gloor (aut)

维护人员:丹尼尔Giguere < dgiguer在uwo.ca >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“omicplotR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“omicplotR”)

HTML	R脚本	omicplotR:使数据集的可视化的工具组成
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细节

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版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(4.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6),ALDEx2(> = 1.18.0)
进口	作文,DTgrDevices,knitr,jsonlite,matrixStats,rmarkdown,闪亮的统计数据,素食主义者,zCompositions
链接
建议
SystemRequirements
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	omicplotR_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	omicplotR_1.18.0.zip
macOS二进制(x86_64)	omicplotR_1.18.0.tgz
macOS二进制(arm64)	omicplotR_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/omicplotR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ omicplotR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/omicplotR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/omicplotR/
包下载报告	下载数据