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odseq
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DOI:10.18129 / B9.bioc.odseq
多序列比对中的离群点检测
Bioconductor版本:发行版(3.16)
使用预定义距离度量的引导，在多个序列对齐中执行离群值检测。离群序列会使下游分析不可靠，或者使正在构建的比对不那么准确。这个包实现了由Jehl等人(doi 10.1186/s12859-015-0702-1)提出的用于对齐序列的odseq算法，以及对未对齐序列使用字符串内核的变体。
作者:José Jiménez
维护者:José Jiménez
引文(从R内，输入引用(“odseq”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“odseq”)
| R脚本 | msa中异常值检测的快速教程 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.26.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年) |
| 许可证 | MIT +文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 3.2.3) |
| 进口 | msa(> = 1.2.1),烤肉串(> = 1.4.1),mclust(> = 5.1) |
| 链接 | |
| 建议 | knitr(> = 1.11) |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | odseq_1.26.0.tar.gz |
| Windows二进制 | odseq_1.26.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | odseq_1.26.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | odseq_1.26.0.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/odseq |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/odseq |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/odseq/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/odseq/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
