nuCpos

DOI:10.18129 / B9.bioc.nuCpos

预测的R包核小体的位置

Bioconductor版本:版本(3.13)

nuCpos NuPoP的衍生物,是预测的R包核小体的位置。隐马尔可夫模型在nuCpos,持续时间是训练有素的核小体的化学地图从出芽酵母,裂殖酵母或老鼠胚胎干细胞。nuCpos输出维特比(最可能的)道路nucleosome-linker状态,预测核小体入住率分数和组蛋白亲和力(HBA)分数NuPoP一样。nuCpos也可以计算局部和整体nucleosomal HBA分数147 -英国石油(bp)对于一个给定的序列。此外,基因改变对核小体的影响入住率可以预测这个包中。父母包NuPoP,这是基于一个MNase-seq-based地图出芽酵母核小体,是由王中正金立群Xi, GPL-2授权许可。

作者:总裁中西宏明加藤,武铀源

维护人员:总裁中西宏明加藤< hkato在med.shimane-u.ac.jp >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“nuCpos”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“nuCpos”)

PDF	R脚本	R包核小体定位的预测
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(2.5年)
许可证	文件许可证
取决于	R (> = 3.6)
进口	图形、方法
链接
建议	NuPoP,Biostrings,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	nuCpos_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	nuCpos_1.10.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	nuCpos_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nuCpos
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ nuCpos
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/nuCpos/
包下载报告	下载数据