NPGSEA
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doi：10.18129/b9.bioc.npgsea
基因集富集分析的排列近似方法（非渗透GSEA）
生物导体版本：版本（3.15）
当前的基因集富集方法取决于推理的排列。这些方法在计算上是昂贵的，并且根据排列数量，而不是实际观察到的统计数据，具有最低可实现的p值。我们已经为两个基因集富集测试统计的置换分布得出了三个参数近似。我们能够用我们的方法减少置换测试的计算负担和粒度问题，该方法已在此软件包中实现。NPGSEA在没有排列的计算成本的情况下计算基因集富集统计和p值。它适用于一个或多个基因集令人感兴趣的设置。还有内置的绘图功能，可帮助用户可视化结果。
作者：杰西卡·拉尔森（Jessica Larson）和欧文（Art Owen）
维护者：jessica larson
引用（从r内，输入引用（“ npgsea”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ npgsea”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ npgsea”）
| R脚本 | 使用“ NPGSEA”软件包运行基因集富集分析 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.32.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.14（R-3.1）（8。5年） |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | gseabase（> = 1.24.0） |
| 进口 | 生物酶， 方法，生物基因，图形，统计 |
| 链接 | |
| 建议 | 全部，，，，GeneFilter，，，，林玛，，，，HGU95AV2.DB，，，，报告工具，，，，生物使用 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | npgsea_1.32.0.tar.gz |
| Windows二进制 | npgsea_1.32.0.zip（仅64位） |
| MacOS 10.13（高山脉） | npgsea_1.32.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/npgsea |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/npgsea |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/npgsea/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
