netZooR

DOI:10.18129 / B9.bioc.netZooR

统一的方法对基因调控网络的推理和分析

Bioconductor版本:版本(3.16)

动物园netZooR结合实现的几个网络方法(netzoo netzoo.github.io)成一个单一的包通过创建网络推理之间的接口和网络分析方法。目前,网络推理包括熊猫包有3个方法及其优化的实现水獭(网络重建使用多重的生物学证据),母狮(single-sample网络推理),白鹭(genotype-specific网络)。网络分析方法包括秃鹫(社区检测),羊驼(微分社区检测),起重机(微分模块的意义估计),怪物(估计网络过渡状态)。此外,纱允许过程基因expresssion数据组织分析和水鹿推断缺失突变数据基于路径信息。

作者:本Marouen Guebila (aut (cre)田,王(aut)约翰·Platig (aut) Marieke Kuijjer (aut),此举使Padi (aut),瑞Burkholz (aut), Des Weighill (aut),凯特Shutta(施)

维护人员:本Marouen Guebila < benguebila hsph.harvard.edu >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“netZooR”)

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细节

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版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2.0),igraph,网状,pandaR,纱
进口	RCy3,viridisLite,STRINGdb,Biobase,GOstats,AnnotationDbi,matrixStats,GO.db,org.Hs.eg.db,矩阵,gplots,nnet,data.table,素食主义者,统计,跑龙套,重塑,reshape2,处罚平行,doParallel,foreach,ggplot2,ggdendro、网格质量,为了,tidyr、方法、dplyr、图形
链接
建议	testthat(> =魅惑,knitr,rmarkdown,pkgdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/netZoo/netZooRhttps://netzoo.github.io/
BugReports	https://github.com/netZoo/netZooR/issues
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包档案

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源包	netZooR_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	netZooR_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	netZooR_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	netZooR_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/netZooR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ netZooR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/netZooR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/netZooR/
包下载报告	下载数据