NetSmooth
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doi：10.18129/b9.bioc.netsmooth
scrnaseq的网络平滑
生物导体版本：版本（3.15）
NetSmooth是用于网络平滑单细胞RNA测序数据的R软件包。NetSmooth使用诸如蛋白质 - 蛋白质相互作用的生物网络作为基因共表达的先验，从而改善了噪音，稀疏的SCRNASEQ数据的细胞类型识别。
作者：Jonathan Ronen [AUT，CRE]，Altuna Akalin [AUT]
维护者：jonathan ronen
引用（从r内，输入引用（“ NetSmooth”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ netsmooth”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ NetSmooth”）
| html | R脚本 | PPI图的产生 |
| html | R脚本 | NetSmooth示例 |
| 参考手册 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.16.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.7（R-3.5）（4年） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | r（> = 3.5），评分（> = 1.15.11），簇发酵（> = 2.1.6） |
| 进口 | 熵，，，，总结性特征，，，，Singlecellexperiment，，，，矩阵，，，，簇，，，，Data.Table，统计，方法，延迟，，，，HDF5Array（> = 1.15.13） |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特，，，，测试，，，，RTSNE，，，，Biomart，，，，Igraph，，，，StringDB，，，，NMI，，，，pheatmap，，，，GGPLOT2，，，，生物使用，，，，rmarkDown，，，，生物比较，，，，UWOT |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/bimsbbioinfo/netsmooth |
| BugReports | https://github.com/bimsbbioinfo/netsmooth/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | netdx |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | netsmooth_1.16.0.tar.gz |
| Windows二进制 | netsmooth_1.16.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | netsmooth_1.16.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/netsmooth |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/netsmooth |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/netsmooth/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
