netDx

DOI:10.18129 / B9.bioc.netDx

基于网络的病人分类器

Bioconductor版本:版本(3.13)

netDx是一个通用的算法来构建一个病人从异构病人数据分类器。方法将数据转化为病人相似网络的特性。特征选择标识每个类功能的预测价值。方法设计和性能评估提供了通用的预测使用标准的措施。netDx本地组分子数据与Cytoscape pathway-level特性和连接网络的可视化通路的主题。方法详细信息参见:Pai et al。(2019)。netDx:可判断的病人使用集成的病人相似网络的分类。e8497分子系统生物学。15日

作者:信心Pai (aut (cre)菲利普·韦伯(aut), Ahmad Shah (aut),卢卡Giudice (aut),雪莉回族(aut),露丝Isserlin (aut),胡珊卡卡(aut),加里•巴德(aut)

维护人员:信心Pai <信心。pai在utoronto.ca >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“netDx”)

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文档

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browseVignettes (“netDx”)

HTML	R脚本	01。构建二进制预测和视图性能、特性和综合病人相似网络
HTML	R脚本	02。构建三方分类器(多路;从multi-omic数据N > 2)
HTML	R脚本	03。从稀疏的基因数据构建分类器
HTML	R脚本	04。验证模型与选定的功能在一个独立的数据集
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文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6)
进口	ROCR,pracma,ggplot2,RCy3,glmnet,igraph,reshape2、并行数据,跑龙套,MultiAssayExperiment、图形grDevices、方法BiocFileCache,GenomicRanges,bigmemory,doParallel,foreach,combinat,rappdirs,GenomeInfoDb,S4Vectors,IRanges,RColorBrewer,嘘,netSmooth,clusterExperiment,Rtsne,httr
链接
建议	curatedTCGAData,TCGAutils,rmarkdown,testthat,knitr,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	http://netdx.org
取决于我
进口我
建议我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	netDx_1.4.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)	netDx_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/netDx
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ netDx
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/netDx/
包下载报告	下载数据