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doi：10.18129/b9.bioc.nearbynding
辨别RNA结构近端与蛋白质结合
生物导体版本：版本（3.13）
提供了一条管道，以辨别RNA结构在用户定义的转录组区域内的蛋白质结合位点。夹子蛋白结合数据可以作为对齐的BAM或峰值床图文件输入。可以从序列内部预测RNA结构，或者用户可以选择输入其自己的RNA结构数据。RNA结构结合曲线可以在多种格式上进行视觉和定量比较。
作者：Veronica Busa [Cre]
维护者：jhmi.edu> veronica busa
引用（从r内，输入引用（“附近”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“附近的bynding”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“附近”）
| R脚本 | 附近的小插图 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.2.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.12（R-4.0）（0.5岁） |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | R（> = 4.0） |
| 进口 | r.utils，，，，矩阵，，，，plyranges，，，，运输，，，，rsamtools，，，，S4VECTORS，grdevices，图形，rtracklayer，，，，dplyr，，，，GenomeInfodB， 方法，基因组机，utils，统计，马格里特，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown，，，，GGPLOT2，，，，GPLOTS，，，，生物基因，，，，rlang |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特 |
| 系统要求 | BedTools（> = 2.28.0），立体纪录（> = V2.20），CAPR（> = 1.1.1） |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | 附近的_1.2.0.tar.gz |
| Windows二进制 | 附近的_1.2.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | 附近的_1.2.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nearbynding |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/附近 |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/nearbynding/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
