Musicatk

doi：10.18129/b9.bioc.musicatk

突变签名综合分析工具包

生物导体版本：版本（3.15）

突变特征是致癌的暴露或异常的细胞过程，可能导致基因组改变。我们创建了MusicAtk（突变签名综合分析工具包），以解决其他预先存在的计算工具中多功能性和易用性的缺点。尽管已经生成了许多不同类型的突变数据，但是当前的软件包没有灵活的框架，可以使用户在突变签名推理过程中混合和匹配不同类型的突变。MusicAtk使用户能够计算和组合多种突变类型，包括SBS，DBS和Indels。MusicAtk计算这些特征的复制链，转录链和组合以及与任何突变类型相关的独特和专有基因组特征的发现。MusicAtk还实现了发现新签名的几种方法，以及在现有的签名集下推断暴露的方法。MusicAtk提供了可视化和下游探索性分析的功能，包括比较队列之间的签名并在宇宙V2或宇宙V3中查找匹配签名的能力。

作者：Aaron Chevalier [CRE]（0000-0002-3968-9250），Joshua D. Campbell [AUT]

维护者：aaron chevalier

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ MusicAtk”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Musicatk”）

html	R脚本	突变签名综合分析工具包
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	1.6.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（1。5年）
执照	LGPL-3
要看	r（> = 4.0.0），NMF
进口	总结性特征，，，，变体，，，，牛仔图，，，，生物弦，基础，方法，马格里特，，，，蒂布尔，，，，花花公子，，，，gtools，，，，栅格，，，，McMcCrecision，，，，大量的，，，，matrixtests，，，，Data.Table，，，，dplyr，，，，rlang，，，，BSGENOME，，，，GenomeInfodB，，，，GenomicFeatures，，，，基因组机，，，，iranges，，，，S4VECTORS，，，，UWOT，，，，GGPLOT2，，，，Stringr，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm9，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10，，，，解构，，，，Demptumor2sig，，，，主题模型，，，，Ggrepel，，，，用，，，，情节，utils，事实，，，，簇，，，，复杂的图像，，，，Philentropy，，，，发光的dashboard，，，，可分类，，，，maftools，，，，闪亮的，，，，Shinyjs，，，，Shinyalert，，，，Shinybusy，，，，丝绸，，，，tcgabiolinks，，，，Shinyjqui，，，，Stringi
链接
建议	测试，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，生存，，，，xvector，，，，QPDF，，，，COVR
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/campbio/musicatk/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Musicatk_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	Musicatk_1.6.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	Musicatk_1.6.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/musicatk
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/musicatk
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/musicatk/
软件包下载报告	下载统计