DOI:10.18129 / B9.bioc.multtest

基于重采样的多重假设检验

Bioconductor版本:Release (3.15)

基于非参数自举和排列重采样的多重测试程序(包括经验贝叶斯方法),用于控制全族错误率(FWER)、广义全族错误率(gwer)、假阳性比例的尾概率(TPPFP)和假发现率(FDR)。实现了基于引导的空分布的几种选择(居中、居中和缩放、分位数转换)。可以使用单步方法和分步方法。包括基于各种t-和f -统计量(包括基于线性和生存模型回归参数的t-统计量以及基于相关参数的t-统计量)的检验。当用t-统计量探测假设时,用户也可以选择一个可能更快的零分布,它是均值为零的多元正态分布,方差协方差矩阵来自向量影响函数。结果以调整后的p值、置信区域和检验统计量截断来报告。该方法可直接应用于DNA微阵列实验中差异表达基因的鉴定。

作者:Katherine S. Pollard, Houston N. Gilbert, Yongchao Ge, Sandra Taylor, Sandrine Dudoit

维护者:Katherine S. Pollard < Katherine。Pollard在gladstone.ucsf.edu>

引文(从R内,输入引用(“相乘”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

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细节

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版本 2.52.0
在Bioconductor BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 17.5年)
许可证 LGPL
取决于 R(>= 2.10),方法,BiocGenericsBiobase
进口 生存质量, stats4
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进口我 a4BaseABarrayadSplitALDEx2anotaanota2seqChIPpeakAnnoIsoGeneGUImAPKLmetabomxtrmicrobiomeMarkernethetOCplusphyloseqRTopperSingleCellSignalRsingleCellTKsynapterwebbioc
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源包 multtest_2.52.0.tar.gz
Windows二进制 multtest_2.52.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra) multtest_2.52.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/multtest
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/multtest
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/multtest/
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