Multicrispr

doi:10.18129/b9.bioc.multicrispr

多洛克斯多功能CRISPR/CAS Design

生物导体版本:版本(3.15)

该软件包用于设计CRISPR/CAS9和主要编辑实验。它包含(1)定义和转换基因组靶标的功能,(2)查找垫片(4)计数Offtarget(MIS)匹配项,并且(5)计算DOENCH2016/2014目标靶向效率。已注意MulticRispr可以很好地扩展到大型目标集,从而实现了大型CRISPR/CAS9库的设计。

作者:Aditya Bhagwat [AUT,CRE],Rene Wiegandt [CTB],Mette Bentsen [CTB],Jens Preussner [CTB],Michael Lawrence [CTB],HervéPagès,Johannes Graumannes Graumann [Sad],Mario Looso [Mario Looso [Mario Looso],rth]

维护者:aditya bhagwat

引用(从r内,输入引用(“ Multicrispr”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)Biocmanager :: install(“ MultiCrispr”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ MultiCrispr”)

html R脚本 Genome_arithmetics
html R脚本 grna_design
html R脚本 Prime_editing
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载
版本 1.6.0
在生物导体中 Bioc 3.12(R-4.0)(1。5年)
执照 GPL-2
要看 R(> = 4.0)
进口 断言的,,,,生物基因,,,,生物弦,,,,BSGENOME,,,,CRISPRSEEK,,,,Data.Table,,,,GenomeInfodB,,,,GenomicFeatures,,,,基因组机,,,,GGPLOT2, 网格,核粒子,,,,马格里特,方法,并行,plyranges,,,,rbowtie,,,,网状,,,,rtracklayer,统计Stringi,,,,花花公子,,,,tidyselect,UTILS
链接
建议 AnnotationHub,,,,生物使用,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38,,,,bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10,,,,BSGENOME.SCEREVISIAE.UCSC.SACCER1,,,,Ensembldb,,,,iranges,,,,尼特,,,,魔术,,,,rmarkDown,,,,测试,,,,txdb.mmusculus.ucsc.mm10.nowngene
系统要求
增强
URL https://github.com/loosolab/multicrispr
BugReports https://github.com/loosolab/multicrispr/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 MULTICRISPR_1.6.0.TAR.GZ
Windows二进制 MULTICRISPR_1.6.0.ZIP
MacOS 10.13(高山脉) MULTICRISPR_1.6.0.TGZ
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/multicrispr
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/multicrispr
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/multicrispr/
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