多希克科姆
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doi：10.18129/b9.bioc.multihiccompare
当每个实验条件的复制可用时，HI-C数据集之间的差异和检测
生物导体版本：版本（3.13）
MultihicCompare提供了多个HI-C数据集中关节归一化和差异检测的功能。现在，原始Hiccompare软件包的扩展可以进行HI-C实验，每组超过2组和多个样本。MultihicCompare以稀疏上部三角矩阵的形式在处理后的HI-C数据上运行。它接受四列（染色体，区域1，region2，if）Tab分离的文本文件存储染色质相互作用矩阵。MultihicCompare提供了循环黄土和快速黄土（FastLO）方法，该方法适用于共同标准化HI-C数据。此外，它提供了一个通用线性模型（GLM）框架，以适应EDGER软件包以以距离依赖性方式检测HI-C数据的差异。
作者：John Stansfield
维护者：John Stansfield
引用（从r内，输入引用（“ MultihicCompare”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ MultihicCompare”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ MultihicCompare”）
| html | R脚本 | JuiceBoxVisalization |
| html | R脚本 | 多希克科姆 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 | |
| 文本 | 执照 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.10.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.8（R-3.5）（2。5年） |
| 执照 | 麻省理工学院 +文件执照 |
| 要看 | R（> = 4.0.0） |
| 进口 | Data.Table，，，，dplyr，，，，Hiccompare，，，，EDGER，，，，生物比较，，，，QQMAN，，，，pheatmap， 方法，基因组机，图形，统计，utils，pbapply，，，，GenomeInfodBdata，，，，GenomeInfodB，，，，聚合 |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，生物使用 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/dozmorovlab/multihiccompare |
| BugReports | https://github.com/dozmorovlab/multihiccompare/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | Hiccompare |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | MultihicCompare_1.10.0.tar.gz |
| Windows二进制 | MultihicCompare_1.10.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | MultihicCompare_1.10.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/multihiccompare |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/multihiccompare |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/multihiccompare/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
