多希克科姆

doi:10.18129/b9.bioc.multihiccompare

当每个实验条件的复制可用时,HI-C数据集之间的差异和检测

生物导体版本:版本(3.13)

MultihicCompare提供了多个HI-C数据集中关节归一化和差异检测的功能。现在,原始Hiccompare软件包的扩展可以进行HI-C实验,每组超过2组和多个样本。MultihicCompare以稀疏上部三角矩阵的形式在处理后的HI-C数据上运行。它接受四列(染色体,区域1,region2,if)Tab分离的文本文件存储染色质相互作用矩阵。MultihicCompare提供了循环黄土和快速黄土(FastLO)方法,该方法适用于共同标准化HI-C数据。此外,它提供了一个通用线性模型(GLM)框架,以适应EDGER软件包以以距离依赖性方式检测HI-C数据的差异。

作者:John Stansfield ,mikhail dozmorov >

维护者:John Stansfield ,mikhail dozmorov

引用(从r内,输入引用(“ MultihicCompare”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.1”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ MultihicCompare”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ MultihicCompare”)

html R脚本 JuiceBoxVisalization
html R脚本 多希克科姆
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

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版本 1.10.0
在生物导体中 Bioc 3.8(R-3.5)(2。5年)
执照 麻省理工学院 +文件执照
要看 R(> = 4.0.0)
进口 Data.Table,,,,dplyr,,,,Hiccompare,,,,EDGER,,,,生物比较,,,,QQMAN,,,,pheatmap, 方法,基因组机,图形,统计,utils,pbapply,,,,GenomeInfodBdata,,,,GenomeInfodB,,,,聚合
链接
建议 尼特,,,,rmarkDown,,,,测试,,,,生物使用
系统要求
增强
URL https://github.com/dozmorovlab/multihiccompare
BugReports https://github.com/dozmorovlab/multihiccompare/issues
取决于我
进口我
建议我 Hiccompare
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 MultihicCompare_1.10.0.tar.gz
Windows二进制 MultihicCompare_1.10.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) MultihicCompare_1.10.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/multihiccompare
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/multihiccompare
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/multihiccompare/
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