多人

doi:10.18129/b9.bioc.multigsea

将基于GSEA的途径富集与多轨迹数据集成相结合

生物导体版本:版本(3.13)

可以在转录组,蛋白质组学和/或代谢组水平上使用从8个不同数据库(KEGG,Reactome,Biocarta等)得出的途径提取的特征来计算基于GSEA的组合富集评分。

作者:Sebastian Canzler [AUT,CRE],JörgHackermüller[aut]

维护者:塞巴斯蒂安·坎兹勒(Sebastian Canzler)<塞巴斯蒂安(Sebastian)。

引用(从r内,输入引用(“ Multigsea”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.1”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ multigsea”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Multigsea”)

html R脚本 Multigsea.html
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文本 消息

细节

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版本 1.2.0
在生物导体中 Bioc 3.12(R-4.0)(0.5岁)
执照 GPL-3
要看 R(> = 4.0.0)
进口 马格里特,,,,石墨,,,,AnnotationDbi,,,,dplyr,,,,fgsea,,,,代码,,,,Rappdirs,,,,rlang, 方法
链接
建议 org.hs.eg.db,,,,org.mm.eg.db,,,,org.rn.eg.db,,,,org.ss.eg.db,,,,org.bt.eg.db,,,,org.ce.eg.db,,,,org.dm.eg.db,,,,org.dr.eg.db,,,,org.gg.eg.db,,,,org.xl.eg.db,,,,org.cf.eg.db,,,,代谢物图,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,生物使用,,,,测试(> = 2.1.0)
系统要求
增强
URL https://github.com/yigbt/multigsea
BugReports https://github.com/yigbt/multigsea/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 Multigsea_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 multigsea_1.2.0.zip(32-和64位)
MacOS 10.13(高山脉) Multigsea_1.2.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/multigsea
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/multigsea
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/multigsea/
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