motifmatchr

DOI:10.18129 / B9.bioc.motifmatchr

快速主题匹配在R

Bioconductor版本:Release (3.15)

快速找到许多图案和许多序列的主题匹配。从MOODS主题调用库包装c++代码,该库由Pasi Rastas, Janne Korhonen和Petri开发Martinmäki。

作者:Alicia Schep [aut, cre],斯坦福大学[cph]

维护者:Alicia Schep

引文(从R内,输入引用(“motifmatchr”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("motifmatchr")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“motifmatchr”)

超文本标记语言 R脚本 motifmatchr
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews bob 体育平台下载 bob 体育平台下载
版本 1.18.0
在Bioconductor BioC 3.6 (R-3.4)(4.5年)
许可证 GPL-3 +文件许可证
取决于 R (>= 3.3)
进口 矩阵Rcpp、方法、TFBSToolsBiostringsBSgenomeS4VectorsSummarizedExperimentGenomicRangesIRangesRsamtoolsGenomeInfoDb
链接 RcppRcppArmadillo
建议 testthatknitrrmarkdownBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements c++ 11
增强了
URL
全靠我
进口我 enhancerHomologSearchenrichTFesATAC网页排名spatzie
建议我 CAGEWorkflowchromVARMethReg
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 motifmatchr_1.18.0.tar.gz
Windows二进制 motifmatchr_1.18.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) motifmatchr_1.18.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/motifmatchr
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/motifmatchr
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/motifmatchr/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网