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motifmatchr
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DOI:10.18129 / B9.bioc.motifmatchr
快速主题匹配在R
Bioconductor版本:Release (3.15)
快速找到许多图案和许多序列的主题匹配。从MOODS主题调用库包装c++代码，该库由Pasi Rastas, Janne Korhonen和Petri开发Martinmäki。
作者:Alicia Schep [aut, cre]，斯坦福大学[cph]
维护者:Alicia Schep
引文(从R内，输入引用(“motifmatchr”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("motifmatchr")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“motifmatchr”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | motifmatchr |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.18.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.6 (R-3.4)(4.5年) |
| 许可证 | GPL-3 +文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 3.3) |
| 进口 | 矩阵，Rcpp、方法、TFBSTools，Biostrings，BSgenome，S4Vectors，SummarizedExperiment，GenomicRanges，IRanges，Rsamtools，GenomeInfoDb |
| 链接 | Rcpp，RcppArmadillo |
| 建议 | testthat，knitr，rmarkdown，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 |
| SystemRequirements | c++ 11 |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | enhancerHomologSearch，enrichTF，esATAC，网页排名，spatzie |
| 建议我 | CAGEWorkflow，chromVAR，MethReg |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | motifmatchr_1.18.0.tar.gz |
| Windows二进制 | motifmatchr_1.18.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | motifmatchr_1.18.0.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/motifmatchr |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/motifmatchr |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/motifmatchr/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
