mnem

DOI:10.18129 / B9.bioc.mnem

混合嵌套效应模型

Bioconductor版本:Release (3.15)

混合嵌套效应模型(mnem)是嵌套效应模型的扩展，允许分析由Perturb-Seq (Dixit et al.， 2016)或Crop-Seq (Datlinger et al.， 2017)等方法提供的单细胞扰动数据。在这些实验中，许多细胞中的每一个都被一个特定基因的敲除所干扰，即几个细胞被基因a的敲除所干扰，几个细胞被基因B的敲除所干扰，……等等。观察到的读出必须是多性状的，在Perturb-/Crop-Seq基因的情况下是每个细胞的表达谱。Mnem使用混合模型同时将细胞群聚类为k个簇，并推断出k个网络将每个簇的扰动基因因果连接。通过期望最大化算法推导出混合分量。

作者:Martin Pirkl [aut, cre]

维护者:Martin Pirkl

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“mnem”)

超文本标记语言	R脚本	mnem
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版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	集群，图，Rgraphviz，flexclust，晶格，naturalsort，降雪stats4,tsne，方法，图形，统计，utils，Linnorm，data.table，Rcpp，RcppEigen，matrixStatsgrDevices,e1071，ggplot2，wesanderson
链接	Rcpp，RcppEigen
建议	knitr，devtools，rmarkdown，BiocGenerics，RUnit，epiNEM
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/cbg-ethz/mnem/
BugReports	https://github.com/cbg-ethz/mnem/issues
全靠我	nempi
进口我	bnem，dce，epiNEM
建议我
链接到我
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包档案

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源包	mnem_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	mnem_1.12.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	mnem_1.12.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mnem
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/mnem
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/mnem/
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