MIQC

DOI：10.18129 / b9.bioc.miqc.

SCRNA-SEQ数据质量控制的灵活性，概率指标

Bioconductor版本：释放（3.13）

单细胞RNA测序（ScRNA-SEQ）使得可以在高分辨率下概述组织中的基因表达。在执行下游分析之前的一个重要预处理步骤是使用质量控制（QC）度量来识别和移除具有差或劣化的样本质量的细胞。如果该电池包括映射到线粒体DNA编码的基因（MTDNA）和（II），则两个广泛使用的QC度量是（i）是（i）的识别'低质量'电池是（i）如果检测到少量基因，则读取到线粒体DNA编码基因（MTDNA）和（II）。MIQC是数据驱动的QC度量，其共同模型读取映射到MTDNA的比例以及具有概率框架中的混合模型的检测到基因的数量，以预测给定数据集中的低质量单元。

作者：Ariel Hippen [Aut，Cre]，Stephanie Hicks [Aut]

维护者：Gmail.com的Ariel Hippen

安装

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if（！percennamespace（“biocmanager”，静静= true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“miqc”）

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文件

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HTML.	r script.	MIQC
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细节

Biocviews.	bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载
版本	1.0.0.
在生物导体中以来	BIOC 3.13（R-4.1）（<6个月）
执照	bsd_3_clause +文件执照
依靠
进口	SinglecellexPeriment.那FlexMix.那ggplot2.，花键，生物相投
链接到
建议	scrnapeq.那撒尿那生物雕那生物焦那kn那RAMAMAMDOW.
系统要求
加强
URL.	https://github.com/greenelab/miqc.
Bugreports.	https://github.com/greenelab/miqc/issues.
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包档案包

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源包	miqc_1.0.0.tar.gz.
Windows二进制文件	miqc_1.0.0.zip.（32-＆64位）
Macos 10.13（高塞拉）	miqc_1.0.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/miqc.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包/ miqc
包短网址	https://biocumon.org/packages/miqc/
包裹下载报告	下载统计信息
BIOC 3.13的旧源包	源档案