甲基化
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doi：10.18129/b9.bioc.methylsig
甲基化：WGB和RRB数据的差甲基化测试
生物导体版本：版本（3.13）
甲基化是用于测试全基因组亚硫酸盐测序（WGB）中差异甲基化的胞嘧啶（DMC）或区域（DMR）的包装包装，或减少了代表性的Bisulfite测序（RRBS）实验。甲基化使用β二项式模型来测试样品组之间的显着差异。对于特定于网站或滑动窗口测试以及方差估计，存在几种选项。
作者：Yongseok Park [AUT]，Raymond G. Cavalcante [AUT，CRE]
维护者：Raymond G. Cavalcante
引用（从r内，输入引用（“甲基化”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“甲基索”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“甲基化”）
| html | R脚本 | 更新甲基化代码 |
| html | R脚本 | 使用甲基化 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.4.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.11（R-4.0）（1年） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | R（> = 3.6） |
| 进口 | BSSEQ，，，，延迟，，，，延迟的matrixstats，，，，DSS，，，，iranges，，，，GenomeInfodB，，，，基因组机，方法，并行，统计，S4VECTORS |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用，，，，BSSEQDATA，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试（> = 2.1.0），COVR |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/sartorlab/methylsig/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
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| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | 甲基Sig_1.4.0.tar.gz |
| Windows二进制 | 甲基Sig_1.4.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | 甲基Sig_1.4.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylsig |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/甲基 |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/methylsig/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
