甲基库

doi：10.18129/b9.bioc.methylkit

来自高通量亚硫酸盐测序结果的DNA甲基化分析

生物导体版本：版本（3.13）

甲基套件是用于通过高通量亚硫酸盐测序的DNA甲基化分析和注释的R包装。该软件包旨在处理来自RRB及其变体的测序数据，还可以处理目标捕获方法和整个基因组Bisulfite测序。它还具有分析从OXBS-SEQ和TAB-SEQ等实验协议的基本对分辨率数据的函数。可以直接从Bismark对齐的BAM文件中执行甲基化调用。

作者：Altuna Akalin [AUT，CRE]，Matthias Kormaksson [aut]，Sheng Li [aut]，Arsene Wabo [CTB]，Adrian Bierling [aut]，Alexander Gosdschan [aut]

维护者：gmail.com>> Altuna akalin alexander gosdschan >

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“甲基kit”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“甲基销”）

html	R脚本	甲基销：用户指南v`r packageversion（'甲基币）`````''
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	1.18.0
在生物导体中	Bioc 3.4（R-3.3）（4。5年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 3.5.0），基因组机（> = 1.18.1），方法
进口	iranges，，，，Data.Table（> = 1.9.6），并行，S4VECTORS（> = 0.13.13），GenomeInfodB，，，，克恩斯门茶，，，，QVALUE，，，，emdbook，，，，rsamtools，，，，gtools，，，，fastseg，，，，rtracklayer，，，，mclust，，，，MGCV，，，，RCPP，，，，r.utils，，，，林玛，grdevices，图形，统计，utils
链接	RCPP，，，，Rhtslib（> = 1.13.1），Zlibbioc
建议	测试（> = 2.1.0），尼特，，，，rmarkDown，，，，基因组化，，，，生物管理器
系统要求	gnu做
增强
URL	http://code.google.com/p/methylkit/
取决于我
进口我	Methcp，，，，甲基赫里西氏菌，，，，甲基硫酸
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	METHYLKIT_1.18.0.TAR.GZ
Windows二进制	METHYLKIT_1.18.0.ZIP
MacOS 10.13（高山脉）	METHYLKIT_1.18.0.TGZ
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylkit
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/甲基套件
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/methylkit/
软件包下载报告	下载统计