methylGSA

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylGSA

利用差异甲基化结果的基因集分析

Bioconductor版本:Release (3.15)

甲基gsa的主要功能是甲基glm和甲基rra。methylGSA实现逻辑回归,调整探针数量作为协变量。methylRRA通过鲁棒秩聚合调整每个基因的多个p值。有关更详细的帮助信息,请参阅小插图。

作者:徐仁[aut, cre],裴芬宽[aut]

维护人员:徐仁

引文(从R内,输入引用(“methylGSA”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

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browseVignettes(“methylGSA”)

超文本标记语言 R脚本 methylGSA: DNA甲基化数据集的基因集分析
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细节

biocViews bob 体育平台下载 bob 体育平台下载 bob 体育平台下载 bob 体育平台下载 bob 体育平台下载 bob 体育平台下载 bob 体育平台下载
版本 1.14.0
在Bioconductor BioC 3.8 (R-3.5)(3.5年)
许可证 GPL-2
取决于 R (>= 3.5)
进口 RobustRankAggregggplot2stringr统计数据,clusterProfilermissMethylorg.Hs.eg.dbreactome.dbBiocParallelGO.dbAnnotationDbi闪亮的IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19
链接
建议 knitrrmarkdowntestthatenrichplot
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/reese3928/methylGSA
BugReports https://github.com/reese3928/methylGSA/issues
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源包 methylGSA_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 methylGSA_1.14.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) methylGSA_1.14.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylGSA
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/methylGSA
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/methylGSA/
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