metavizr

doi:10.18129/b9.bioc.metavizr

M Metaviz Web应用程序的R接口进行交互式宏基因组学数据分析和可视化

生物导体版本:版本(3.15)

该软件包为Metaviz Web应用程序(http://metaviz.cbcb.umd.edu)提供了WebSocket通信,以进行元基因组学数据的交互式可视化。R/Bioc交互式会话中的对象可以在图中显示,可以使用acketzoom可视化探索数据。支持基本的生物导体数据结构(例如,mrexperiment对象),同时提供了一种简单的机制来支持其他数据结构。可视化(使用d3.js)也可以轻松地添加到Web应用程序中。

作者:Hector Corrada Bravo [CRE,AUT],Florin Chelaru [AUT],Justin Wagner [AUT],Jayaram Kancherla [aut],Joseph Paulson [aut]

维护者:hector Corrada bravo

引用(从r内,输入引用(“ metavizr”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)Biocmanager :: install(“ metavizr”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ metavizr”)

html R脚本 Metavizr简介
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载
版本 1.20.0
在生物导体中 Bioc 3.5(R-3.4)(5年)
执照 麻省理工学院 +文件执照
要看 r(> = 3.4),元基因组(> = 1.17.1),方法,Data.Table,,,,生物酶,,,,消化
进口 epivizr,,,,epivizrdata,,,,Epivizrserver,,,,EPIVIZRSTANTALLONE,,,,素食主义者,,,,GenomeInfodB,,,,门索,,,,httr
链接
建议 尼特,,,,生物使用,,,,矩阵,,,,MSD16S(> = 0.109.1),ETEC16S,,,,测试,,,,GSS,,,,实验室,,,,花花公子,,,,rmarkDown
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 metavizr_1.20.0.tar.gz
Windows二进制 metavizr_1.20.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) metavizr_1.20.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metavizr
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/metavizr
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/metavizr/
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