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metagenomeSeq
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DOI:10.18129 / B9.bioc.metagenomeSeq
稀疏高通量测序的统计分析
Bioconductor版本:Release (3.15)
metagenomeSeq用于确定两个或多个样本组之间差异丰富的特征(如操作分类单元(Operational Taxanomic Unit, OTU)、物种等)。metagenomeSeq旨在解决微生物群落的标准化和不足采样对疾病关联检测和特征相关性测试的影响。
作者:Joseph Nathaniel Paulson, Nathan D. Olson, Domenick J. Braccia, Justin Wagner, Hisham Talukder, Mihai Pop, Hector Corrada Bravo
维护者:Joseph N. Paulson
引文(从R内，输入引用(“metagenomeSeq”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("metagenomeSeq")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“metagenomeSeq”)
| R脚本 | fitTimeSeries:通过时间或位置的差异丰度分析 | |
| R脚本 | metagenomeSeq:稀疏高通量测序的统计分析 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
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| 版本 | 1.38.0 |
| 在Bioconductor | BioC 2.12 (R-3.0)(9.5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (>= 3.0)，Biobase，limma，glmnet、方法、RColorBrewer |
| 进口 | 平行,matrixStats，foreach，矩阵，gplots，图形，grDevices，统计，utils，扳手 |
| 链接 | |
| 建议 | 注释，BiocGenerics，biomformat，knitr，gss，testthat(> = 0.8),素食主义者，interactiveDisplay，IHW |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/nosson/metagenomeSeq/ |
| BugReports | https://github.com/nosson/metagenomeSeq/issues |
| 全靠我 | etec16s，metavizr，microbiomeExplorer，msd16s |
| 进口我 | benchdamic，Maaslin2，microbiomeDASim，microbiomeMarker |
| 建议我 | interactiveDisplay，phyloseq，scTreeViz，扳手 |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | metagenomeSeq_1.38.0.tar.gz |
| Windows二进制 | metagenomeSeq_1.38.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | metagenomeSeq_1.38.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metagenomeSeq |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/metagenomeSeq |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/metagenomeSeq/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
