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maftools
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DOI:10.18129 / B9.bioc.maftools
总结，分析和可视化MAF文件
Bioconductor版本:Release (3.15)
分析和可视化大规模测序研究中的突变注释格式(MAF)文件。这个包提供了各种功能来执行癌症基因组学中最常用的分析，并以最小的工作量创建丰富的可定制可视化功能。
作者:Anand Mayakonda [aut, cre]
维护者:Anand Mayakonda
引文(从R内，输入引用(“maftools”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“maftools”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 01:总结，分析和可视化MAF文件 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 02:自定义肿瘤 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 03:癌症报告 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 04:拷贝数分析 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
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| 版本 | 2.12.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.4 (R-3.3)(5.5年) |
| 许可证 | MIT +文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 3.3) |
| 进口 | data.table， grDevices，方法，RColorBrewer，Rhtslib，生存，DNAcopy |
| 链接 | Rhtslib，zlibbioc |
| 建议 | berryFunctions，Biostrings，BSgenome，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，GenomicRanges，IRanges，knitr，mclust，MultiAssayExperiment，NMF，R.utils，RaggedExperiment，rmarkdown，S4Vectors，pheatmap，旋度 |
| SystemRequirements | GNU使 |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/PoisonAlien/maftools |
| BugReports | https://github.com/PoisonAlien/maftools/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | CIMICE，musicatk，TCGAbiolinksGUI，TCGAWorkflow |
| 建议我 | GenomicDataCommons，MultiAssayExperiment，survtype，TCGAbiolinks |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | maftools_2.12.0.tar.gz |
| Windows二进制 | maftools_2.12.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | maftools_2.12.0.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/maftools |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/maftools |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/maftools/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
